「善化糖廠」在民國92年進行組織變革，改為事業部制，成立八大事業部及三大中心，並於103年3 月起併入虎尾糖廠，事業部目前轄下有提煉進口原料糖的小港廠及壓榨原料甘蔗的虎尾糖廠 、善化糖廠。

台糖公司總體目標以推動新農業及循環經濟為核心，積極發展健康及綠色產業。

為邁向2050淨零排放，台糖公司與廠商合作，在中、南、東區建置太陽能發電設備， (共39案場，截至2021年)，善加利用營業據點房屋的屋頂和土地，並同時減少化石燃料及環境污染。

於今年度八月份透過科建管理顧問團隊規劃，開始執行啟動善化糖廠之溫室氣體盤查，台糖公司為台灣主要糖品供應企業，為了規劃砂糖事業部事業部2050淨零排放路徑，重新盤查甘蔗製糖產業溫室氣體排放量應為首要目標。

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