1.減少個資外洩風險及控管成本：
組織於尚未推行個人資料保護管理系統之前，最常見的個資管理問題當屬難以掌握組織個人資料流向，以及個人資料重複保存這二類，如果未對組織流程中各項個人資料之生命週期有充分的掌握，便容易產生個資濫用或誤用的狀況，於組織控管上造成相當大的成本負擔，同時，傳統檔案的使用習慣是多多益善，因此組織較無使用單一資料庫，而產生了許多重複之個人資料檔案。
但是，如果組織能有效推行個資管理系統，明確掌握流程中個人資料生命週期，不僅能對重要環節加強控管，更能有效降低個人資料重複保存的情形，如中興大學於推行個人資料保護管理系統後，其所保存之個人資料檔案將低了百分之三十，這不僅減輕了該校於檔案管理的成本，更相對降低了個資外洩的風險。
2.降低組織及個人違法風險：
我國個資法目前對於組織造成當事人個人資料之損害，除了應負舉證責任，證明組織於處理當事人個人資料時除無過失或已盡相當注意義務，否則應負損害賠償責任，原則上一個人賠償以新台幣五佰元至二萬元間（除能證明其實際受損金額外），而因單一事件賠償最高上限為新台幣兩億元。
此外，目的事業主管機關及當地政府，亦能針對未遵守個資法規定之組織，裁處行政處分，如禁止組織蒐集、處理或利用個人資料檔案、或命其刪除個人資料檔案等，或是處以行政罰鍰新台幣二萬元至五十萬元不等，同時機關負責人、代表人或其他有代表權人，如未負相當監督義務，亦應與組織負相同的行政罰鍰。
對於沒有建制個人資料保護管理系統之組織，訴訟上之舉證往往難以有效的提出組織針對個人資料有完善的保護，也因此提高了訴訟上敗訴之風險，造成需負擔相關損害賠償責任及行政處分或行政罰鍰之裁處。而個資法對於不當使用個人資料之個人，亦有刑事責任，罰金或/及有期徒刑、拘役之判處。
從而，組織如果能因應個人資料保護管理系統，於建制、推行及營運管理系統的過程中，保留適當的紀錄，並加強對於人員處理個人資料之保護認知及控管，一方面可以強化組織於個資訴訟上舉證之能力，另一方面亦可以保護遵守組織制度規範的個人，使其不易違反法規規定，更大大降低兩者於訴訟上之責任與風險。